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Vier Jahre nach dem Tod von Shogo Makishima und dem Verschwinden Kogami Shinyas beginnt die japanische Regierung das Sybil-System weltweit auszubreiten. Während in einer kleinen Küstenstadt in 'Shambala Float' Zivilkrieg herrscht, führt die SEAUn (South East Asia Union) das Sybil-System ein, welches vorübergehend für Frieden in der kleinen Stadt sorgt. Doch dann tauchen plötzlich Terroristen der SEAUn in Japan auf und greifen das Sybil-System von innen heraus an. Akane Tsunemori und ihr Team müssen nun nach Shambala Float und versuchen die Terroristengruppe aufzuspüren.